Το γνωστικό αντικείμενο του Δρ. Μ. Παναγόπουλου σχετίζεται με την αναγνώριση προτύπων σε εικαστικές, πολιτιστικές και καλλιτεχνικές εφαρμογές.

Πιο συγκεκριμένα η έρευνά του, σε στενή συνεργασία με τον Αναπλ. Καθ. του ΕΜΠ Κ. Παπαοδυσσέα και άλλους συνεργάτες, έχει επικεντρωθεί στην μελέτη του τρόπου κατασκευής των προϊστορικών τοιχογραφιών του Ακρωτηρίου της Θήρας και ειδικότερα στην τεχνοτροπία των τοιχογραφιών που κοσμούσαν το κτίριο Ξεστή 3 όπως οι "Κροκοσυλλέκτριες", οι "Γυμνοί παίδες" κ.α., οι οποίες βρέθηκε ότι έχουν κατασκευαστεί με τη χρήση γεωμετρικών οδηγών (stencils) που βασίζονταν σε γεωμετρικές καμπύλες όπως οι κωνικές τομές (ελλείψεις, υπερβολές) και η γραμμική σπείρα. Υπάρχουν διαφορετικά σχεδιασμένα τμήματα στις γραμμές των μορφών των Κροκοσυλλεκτριών που έχουν γίνει με το ίδιο ακριβώς τμήμα του ιδίου γεωμετρικού οδηγού!