Πλούσια βλάστηση-Πολλά είδη χλωρίδας
Οι μεγάλες ποσότητες θρεπτικών αλάτων που μεταφέρονται στον Αμβρακικό από τον Άραχθο και το Λούρο έχουν σαν αποτέλεσμα μεγάλες τιμές αφθονίας φυτοπλαγκτού και συγκέντρωσης χλωροφύλλης. Οι τιμές που έχουν μετρηθεί από το Ε.Κ.Θ.Ε είναι πολύ υψηλές και μπορούν να συγκριθούν με τις τιμές που παρατηρούνται σε ευτροφικές περιοχές της Ελλάδας (εσωτερικός Θερμαϊκός και Κόλπος της Ελευσίνας) αλλά και άλλες ευτροφικές περιοχές της Μεσογείου (Κόλπος Fos στη Γαλλία, εκβολές Πάδου στη Βόρεια Αδριατική).
Στη διάρκεια του χειμώνα η αφθονία του φυτοπλαγκτού φθάνει στα 1720 κυτ./ml στο ανατολικό τμήμα του Κόλπου, 986 κυτ./ml στο δυτικό του τμήμα και 1220 κυτ./ml στον όρμο της Πρέβεζας. Στο Ιόνιο η αντίστοιχη τιμή ήταν μόνο 77κυτ./ml
Στη διάρκεια της άνοιξης παρατηρείται μεγάλη αύξηση της αφθονίας του φυτοπλαγκτού που φτάνει (μέση τιμή) στα 19.830 κυτ./ml. Αντίθετα στο Ιόνιο η τιμή είναι εξαιρετικά χαμηλή (42 κυ./ml).
Στη διάρκεια του καλοκαιριού και φθινοπώρου οι τιμές αφθονίας του φυτοπλαγκτού μειώνονται σε επίπεδα κάτω των 1000 κυτ./ml, ενώ το Δεκέμβριο αυξάνονται σε 6200 κυτ./ml στον Αμβρακικό και σε 2140 κυτ./ml στο Ιόνιο.
Όσον αφορά τη σύνθεση του φυτοπλαγκτού σχεδόν σε όλη τη διάρκεια του χρόνου επικρατούν τα διάτομα με εξαίρεση τον Οκτώβριο που επικρατούν τα δινομαστιγωτά.
Τα επικρατέστερα είδη φυτοπλαγκτού είναι τα διάτομα Rhizosolenia fragilissima, Leptocylindrus minimus, Nitzscia closterium, Cerataulina bergoni (χειμώνας-άνοιξη).
Τα επικρατέστερα είδη φυτοπλαγκτού το καλοκαίρι είναι: Thalassionema nitzschiolides, Thalassiosira sp., Prorocentrum baltisum και Prorocentrum compresum ενώ το φθινόπωρο επικρατούν τα δινομαστιγωτά Peridinium sp. και Chaetoceros socialis.
Οι συγκεντρώσεις χλωροφύλλης χλωροφύλλης-α στη διάρκεια του χειμώνα κυμαίνονται στον Αμβρακικό από 0,84 μg/L έως 5,03 μg/L. Οι μέγιστες τιμές παρατηρούνται στον όρμο της Πρέβεζας. Μικρές συγκεντρώσεις παρατηρούνται στο Ιόνιο.
Όπως και η περίπτωση των τιμών αφθονίας του φυτοπλαγκτού οι μεγαλύτερες τιμές παρατηρούνται την άνοιξη που μειώνονται σε επίπεδα κάτω του 1 μg/L στη διάρκεια του καλοκαιριού και αυξάνονται πάλι το φθινόπωρο. Στο Ιόνιο πέλαγος οι τιμές μένουν χαμηλές σε όλη τη διάρκεια του έτους.
Ο Αμβρακικός Κόλπος είναι εξαιρετικά πλούσιος σε ζωοπλαγκτό. Οι τιμές αφθονίας που παρατηρούνται συγκρόνονται με τις τιμές που έχουν παρατηρηθεί σε ευτροφικές περιοχές όπως ο Θερμαϊκός κόλπος ή ο κόλπος της Αταλάντης.
Παρά τις εποχιακές διακυμάνσεις οι μεγαλύτερες μέσες τιμές παρατηρούνται στον όρμο της Πρέβεζας. Με βάση τα ποσοτικά χαρακτηριστικά του ζωοπλαγκτού, ο Αμβρακικός μπορεί να χωρισθεί ως εξής:
α. Το ανατολικό, με πολύ μεγάλο αριθμό ατόμων
β. Το κεντρικό, με γενικά χαμηλότερες τιμές.
γ. Το δυτικό, με υψηλές τιμές αφθονίας και βιομάζας.
Η σημαντικότερη ομάδα ζωοπλαγκτονικών οργανισμών είνσι τσ κωπήποδα που επικρατούν στη διάρκεια όλου σχεδόν του χρόνου με εξαίρεση το καλοκαίρι που αυξάνεται σημαντικά το ποσοστό παρουσίας των κλαδικαιρεωτών. Το Μάϊο εμφανίζονται σε μεγάλα ποσοστά προνύμφες εχινοδέρμων που συνδέεται με τη μεγάλη αφθονία των ώριμων ατόμωνστις βραχώδεις ακτές του νότιου-κεντρικού και δυτικού τμήματος.
Η παρουσία εκτεταμένων περιοχών στον Αμβρακικό κόλπο με αμμοαργιλώδη ή ιλυώδη υποστώμματα ευνοεί την ανάπτυξη θαλάσσιων Αγγειόσπερμων που σχηματίζουν υποθαλάσσια λιβάδια. Στα όρια της μεσοπαραλίας με την υποπαράλια ζώνη αναπτύσσεται το είδος Zostera noltii ενώ στην υποπαράλια ζώνη το είδος Cymodocia nodosa. Η απουσία του είδους Posidonia oceanica που συνήθως κυριαρχεί στην υποπαράλια ζώνη της Μεσογείου δεν απαντάται στον Αμβρακικό, γεγονός που αποτελεί επιβεβαίωση της περιορισμένης ανανέωσης των νερών. Αντίθετα το είδος αυτό παρατηρείται σε αφθονία έξω από το στενό της Πρέβεζας στο Ιόνιο Πέλαγος από όπου νεκρά φύλλα εισέρχονται μέσω του στενού σε μεγάλες ποσότητες και συσσωρεύονται στα βαθύτερα σημεία του όρμου της Πρέβεζας
Στα σκληρά υποστρώματα παρατηρείται βιοκοινωνία φωτόφιλων φυτών με επικρατέστερα φυτά του γένους Cystoseira. Η εξάπλωση των φυτών αυτών είναι ιδιαίτερα περιορισμένη γεγονός που οφείλεται στην παρουσία υπερβολικά μεγάλου πληθυσμού αχινών.
Το ζωοβένθος των υποστρωμάτων της περιπαράλιας ζώνης είναι πολύ φτωχό τόσο σε ποικιλία ειδών όσο και σε βιομάζα. Στα βαθύτερα τμήματα του κόλπου το βένθος υφίσταται τις δυσμενείς επιπτώσεις του υπερευτροφισμού.
Γενικά το βένθος παρουσιάζει μια ποιοτική και ποσοτική υποβάθμιση που μπορεί να αποδοθεί στη μικρή ανανέωση των νερών και τον ευτροφισμό αλλά και την παρουσία ισχυρής στρωμάτωσης σε όλη τη διάρκεια του χρόνου.